康老师

blastn和blastx的区别

2015-08-03 19:54:54
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1、 blastn:是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比对

2、 blastx:将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对。作用:对分析新序列和EST很有用

EST:Expressed Sequence Tag的缩写,意思是表达序列标签,指从一个随机选择的cDNA 克隆,进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列。

六种阅读框架:一段DNA或RNA序列有多种不同读取方式,因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架。开放阅读框包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止子打断。 当一个新基因被识别,其DNA序列被解读,人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么。这是因为在没有其它信息的前提下,DNA序列可以按六种框架阅读和翻译(核酸有两条链,每条链三种,对应三种不同的起始密码子)。

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